O istnieniu kościoła w Kotliskach na początku XIV wieku świadczyć może zapis w Liber fundationis biskupstwa wrocławskiego. Kolejna wzmianka datowana jest na rok 1495.
O parafii w średniowiecznych źródłach nic nie wspomniano. Świątynia w Kotliskach służyła ewangelikom jako zbór w latach 1520-1654.
Parafia św. Mikołaja w Kotliskach datowana jest na 2 poł. XVII wieku, o czym świadczą protokoły wizytacyjne.
W 1861 r. założono przy kościele cmentarz.
W 1742 r. wzniesiono w Kotliskach Górnych zbór, który na początku XX wieku został zastąpiony przez nowy.
Po II wojnie światowej zbór przeszedł w ręce Kościoła katolickiego, co sprawiło że stary kościół przestał być użytkowany. Czasami pełnił funkcję kaplicy cmentarnej, ale z czasem zaprzestano używać go do tych celów.
Opuszczony kościół szybko popadł w ruinę. Zawalił się dach, częściowo mury, zniszczeniu uległa empora. W 1987 r. runęły resztki belek stropu, zleciały tynki wewnętrzne odsłaniając polichromię na ścianie tęczowej od strony południowej.
W 1988 r. podjęto się ratowania malowideł i zdjęto je z południowej ściany nawy i ściany tęczowej. Wówczas wszystko wskazywało na to, że kościół ulegnie całkowitemu zniszczeniu.
W 1991 r. przystąpiono do zabezpieczenia kościoła przed nieuchronnym zniszczeniem, przykryto świątynię nowym dachem, a nawę drewnianym stropem.
W 1993 r. na dachu położono dachówkę.
Rozpoczęte prace remontowe dają możliwość w przyszłości eksponowania dekoracji malarskiej na pierwotnym miejscu.
Choć innych prac remontowych nie przeprowadzono do dnia dzisiejszego , oprócz wzmocnienia cienkich belek stropu metalowymi płaskownikami skręconymi śrubami, istnieje szansa całkowitej odbudowy kościoła.